A Narutoban a sorozat fő motívumai az ősi, illetve középkori Japán motívumaira vezethetők vissza. A sorozatban elsősorban a japán 15-16. századi ninjavilág jelenik meg, melyet Kishimoto Masashi a modern világ és saját fantáziavilágának eszközeivel fűszerezett meg. A sorozat szereplőinek természetfeletti képességei, mint a vízen járás, a láthatatlanság, a természeti elemek irányítása még ma is élő ninjalegendákból származnak. Ezen legendák kialakulásának oka a ninják misztikus státusza volt. A sorozatban a ninják otthonául szolgáló különböző ninjafalvak és az egyedi képességekkel rendelkező ninjaklánok mivolta is valós alapokon nyugszik. A 15. században például az eldugott, hegyekkel körülvett Iga-síkságon jöttek létre ninják kiképzésére specializálódott falvak. Az itt élő nindzsáknak a kémkedés, a szabotázsakciók, az ellenséges területre való beszivárgás és az orvgyilkosságok ugyanúgy a feladatköreikbe tartoztak, mint a műben. A nindzsák által használt eszközök, mint a shurikenek, a kunaik vagy a szenbontűk is a korabeli nindzsaművészet fontos kellékei voltak.
Shuriken:
Kunai:
Nunchaku: